CARACTERIZACIÓN DE VARIANTES EN EL EXÓN 4 DEL GEN TP53 EN PACIENTES CON CÁNCER COLORRECTAL

Abstract

RESUMEN El cáncer colorrectal (CCR) es el tercer cáncer más común y la cuarta causa de muerte por tumor maligno. La variación geográfica en la incidencia de CCR sugiere que los factores ambientales y el estilo de vida se encuentran entre los principales factores asociados a esta enfermedad. Estos factores inducen daño en el genoma de las células del colon y recto provocando una proliferación celular desordenada, y en consecuencia, el desarrollo del tumor. El CCR se caracteriza por alteraciones moleculares específicas y la principal vía involucrada es la de inestabilidad cromosómica. Dentro de esta vía, el gen TP53 se encuentra inactivo principalmente por la presencia de variantes patogénicas. El gen TP53 posee 11 exones y codifica para la proteína p53, un factor de transcripción que regula la expresión de genes relacionados con ciclo celular, reparación del DNA y la apoptosis. El 90% de las variantes del gen TP53 se localizan en los exones 4-8, región que codifica para el dominio de unión al DNA. El objetivo de este estudio fue caracterizar las variantes del exón 4 por medio de secuenciación Sanger y la interpretación del efecto se determinó in silico. La frecuencia genotípica y alélica de las variantes se estableció por conteo. En este estudio se analizó el exón 4 del gen TP53 en 78 muestras de pacientes con CCR de tipo esporádico, de los cuales el 53% corresponde a mujeres y el 47% a hombres. Además, la mayor frecuencia (73%) se observó en individuos mayores de 50 años. El análisis de secuenciación reveló las dos variantes missense c.160T>C (p.Phe54Leu) y c.215C>G (p.Pro72Arg), y cuatro sinónimas c.207T>C (p.Ala69=), c.210T>C (p.Ala70=), c.213C>T (p.Pro71=) y c.246G>A (p.Pro82=) en los 78 pacientes con CCR. Todas las variantes encontradas en los pacientes con CCR fueron revisadas en el programa HSFM, mientras que sólo las variantes de tipo missense fueron analizadas por PolyPhen-2. El análisis bioinformático demostró que las variantes missense rs1555526742 (c.160T>C) y rs1042522 (c.215C>G), así como las variantes sinónimas 75185978 (c.207T>C), rs786203513 (c.210T>C) y rs1555526701 (c.213C>T) no mostraron consecuencias en la estructura de la proteína ni en la regulación del corte y empalme (splicing). Sin embargo, la variante sinónima c.246G>A (rs372397095) altera el proceso de splicing generando un nuevo sitio aceptor críptico y una alteración en la proporción de ESE/ESS sitios. La identificación de variantes en el gen TP53 es importante porque los pacientes con CCR con alteraciones en TP53 parecen tener más resistencia a la quimioterapia y un peor pronóstico que aquellos con TP53 de tipo silvestre.