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https://hdl.handle.net/20.500.12104/96436Registro completo de metadatos
| Campo DC | Valor | Lengua/Idioma |
|---|---|---|
| dc.contributor.author | Alemán Duarte, Mario Iván | |
| dc.date.accessioned | 2023-11-10T20:17:33Z | - |
| dc.date.available | 2023-11-10T20:17:33Z | - |
| dc.date.issued | 2023-06-23 | |
| dc.identifier.uri | https://wdg.biblio.udg.mx | |
| dc.identifier.uri | https://hdl.handle.net/20.500.12104/96436 | - |
| dc.description.abstract | La leche humana es esencial en la nutrición de los recién nacidos, ya que aporta compuestos esenciales, tales como, proteínas, lípidos, azúcares, factores inmunológicos u hormonas de crecimiento que confieren múltiples beneficios para su salud. Contiene también una gran diversidad de microorganismos benéficos que forman parte de la microbiota intestinal del neonato gracias a la lactancia. Dentro de estos microorganismos destacan especies de los géneros Staphylococcus, Streptococcus, Lactobacillus, Pseudomonas, Bifidobacterium, Corynebacterium, Enterococcus, Acinetobacter, Rothia, Cutibacterium, Veillonella y Bacteroides. Considerando la importancia de las comunidades microbiológicas de la leche humana (LH) para los recién nacidos, en esta investigación se realizó un análisis metataxonómico de un marcador ribosomal (rDNA16S) en un grupo de madres mexicanas en el occidente del país, con el fin de evaluar su efecto en la dinámica ecológica de las comunidades microbiológicas de leche humana madura. Se encontró que la diversidad bacteriana en la leche humana de esta cohorte es influenciada por la actividad física principalmente, mientras que varios factores, incluyendo el tipo de parto, el padecimiento de enfermedades no transmisibles, la categoría nutricional, el sexo del producto, la paridad de la madre y el uso prolongado de antibióticos contribuyen en menor instancia en la diversidad observada. Además, la falta de ejercicio tiene una clara influencia sobre la equitabilidad de los metagenomas y contribuye significativamente a la alteración de la estructura del perfil bacteriano en las muestras de leche, favoreciendo la dominancia de algunas especies. | |
| dc.description.tableofcontents | 1 INTRODUCCIÓN.....................................................................................................................1 2 ANTECEDENTES ...................................................................................................................3 2.1 LA LECHE HUMANA Y SUS COMUNIDADES MICROBIANAS .........................................................3 2.2 MÉTODOS DE EVALUACIÓN DE LA COMPOSICIÓN DE COMUNIDADES MICROBIANAS ..................3 2.2.1 Metagenómica de secuenciación aleatoria total.........................................................4 2.2.2 Metagenómica por amplificación de genes marcadores ............................................4 2.2.3 Evaluación de la composición y diversidad biológica de comunidades microbianas 8 2.3 FACTORES REPORTADOS QUE INFLUYEN EN LA COMPOSICIÓN DE LA MICROBIOTA DE LECHE HUMANA .......12 2.3.1 Efecto del estadío de lactancia. ................................................................................12 2.3.2 Efecto del sexo del infante ........................................................................................13 2.3.3 Efecto de la edad gestacional (Leche a termino contra pre-termino) ......................13 2.3.4 Efecto de la localización geográfica y/o etnicidad de la madre................................14 2.3.5 Efecto del modo de nacimiento.................................................................................14 2.3.6 Efecto del método de colecta....................................................................................15 2.3.7 Efecto del uso de antibióticos....................................................................................15 2.4 EFECTO DE LOS CAMBIOS EN LA COMPOSICIÓN BIOQUÍMICA DE LA LECHE SOBRE LA MICROBIOTA .............16 2.4.1 Alteración del perfil de oligosacáridos ......................................................................16 2.4.2 Alteración del perfil de lípidos. ..................................................................................16 2.5 EFECTO DEL ESTADO SALUD ALTERADO DE LA MADRE EN LA COMPOSICIÓN DE LA LECHE Y EL PERFIL MICROBIOLÓGICO.............................................................................................................17 2.5.1 Alteraciones metabólicas causadas por la dieta.......................................................17 2.5.2 Alteraciones en la LH causadas por diabetes pregestacional y gestacional. ..........18 2.5.3 Alteraciones en la LH causadas por la hipertensión durante el embarazo..............20 2.6 RELEVANCIA DEL PERFIL MICROBIOLÓGICO DE LA LECHE HUMANA SOBRE LA SALUD DEL INFANTE. ........20 3 PLANTEAMIENTO DE LA INVESTIGACIÓN......................................................................22 3.1 PROBLEMATIZACIÓN ............................................................................................................22 3.2 PREGUNTA DE INVESTIGACIÓN.............................................................................................22 3.3 OBJETIVOS..........................................................................................................................23 3.3.1 Objetivo general ........................................................................................................23 3.3.2 Objetivos específicos.................................................................................................23 3.4 HIPÓTESIS...........................................................................................................................23 3.5 JUSTIFICACIÓN. ...................................................................................................................24 3.6 ALCANCE DEL ESTUDIO........................................................................................................24 4 MATERALES Y MÉTODOS .................................................................................................25 4.1 DISEÑO EXPERIMENTAL.......................................................................................................25 4.2 SUJETOS DE ESTUDIO. ........................................................................................................25 4.2.1 Consideraciones para pertenecer a cada grupo comparativo..................................26 4.3 TAMAÑO DE LA MUESTRA.....................................................................................................28 4.4 DELIMITACIONES DEL ESTUDIO.............................................................................................28 4.4.1 Delimitación de tiempo y espacio para realizar el estudio .......................................28 4.4.2 Variables controlables y criterios de exclusión, eliminación e inclusión ..................28 4.4.3 Variables cuantitativas y cualitativas.........................................................................30 4.5 RECOLECCIÓN DE LAS MUESTRAS BIOLÓGICAS ....................................................................31 4.5.1 Recolección de muestras de leche humana.............................................................31 4.5.2 Recolección de muestras de sangre periférica.........................................................31 4.5.3 Métodos de conservación, traslado y almacenamiento de las muestras biológicas 31 4.5.4 Consideraciones éticas y de bioseguridad. ..............................................................32 4.6 CARACTERIZACIÓN DEL ESTADO NUTRICIONAL DE LAS MADRES DONANTES ..........................32 4.7 CUANTIFICACIÓN DE MACRONUTRIENTES DE LECHE HUMANA ...............................................33 4.7.1 Cuantificación de proteínas (método de Lowry) .......................................................33 4.7.2 Cuantificación de lípidos (método de Roese-Gottlieb).............................................33 4.7.3 Cuantificación de Hidratos de carbono (método de Doubois)..................................34 4.7.4 Contenido energético (densidad calórica) ................................................................34 4.8 AISLAMIENTO Y CALIDAD DEL DNA GENÓMICO DE LECHE HUMANA.......................................34 4.8.1 Preprocesamiento de las muestras...........................................................................34 4.8.2 Extracción de DNA genómico ...................................................................................35 4.8.3 Calidad del DNA genómico .......................................................................................35 4.9 SECUENCIACIÓN Y ANOTACIÓN TAXONÓMICA. ......................................................................36 4.10 ANÁLISIS DE LA DIVERSIDAD MICROBIOLÓGICA Y FUNCIONAL ............................................36 4.11 ANÁLISIS ESTADÍSTICO ....................................................................................................37 5 RESULTADOS......................................................................................................................38 5.1 RECOLECCIÓN, DESCRIPCIÓN E INTEGRACIÓN DE LA COHORTE DE ESTUDIO .........................38 5.1.1 Estandarización de la técnica de muestreo de leche humana.................................38 5.1.2 Recolección de metadatos ........................................................................................38 5.1.3 Almacenamiento de las muestras de leche humana................................................39 5.1.4 Caracterización de la cohorte....................................................................................40 5.1.5 Integración de la cohorte de estudio.........................................................................51 5.1.6 Selección de las muestras para secuenciación........................................................51 5.2 EXTRACCIÓN DE DNA GENÓMICO Y VERIFICACIÓN DE LA CALIDAD........................................54 5.2.1 Estandarización de la extracción de DNA genómico de muestras de leche humana 54 5.2.2 Extracción de DNAg de la submuestra de la cohorte MAHCUDG-NCDS20-21......57 5.3 VERIFICACIÓN DE LA CALIDAD DE LOS AMPLICONES Y CONSTRUCCIÓN DE LAS BIBLIOTECAS DE SECUENCIACIÓN ..........................................................................................................................59 5.4 SECUENCIACIÓN, CALIDAD Y ASIGNACIÓN TAXONÓMICA DE LAS MUESTRAS ..........................59 5.5 EFECTO DE LAS VARIABLES INDEPENDIENTES SOBRE LA DIVERSIDAD BACTERIANA EN LECHE HUMANA ......62 5.5.1 Análisis multivariado de los factores que componen la cohorte estudiada sobre la riqueza y diversidad bacteriana de las muestras de LH.......................................................62 5.6 ANÁLISIS DE EQUITABILIDAD SOBRE LOS FACTORES SIGNIFICATIVOS ....................................63 5.7 ANÁLISIS DE LA COMPOSICIÓN Y DIVERSIDAD DE LOS METAGENOMAS DE LH ASOCIADOS A ENFERMEDADES NO TRANSMISIBLES............................................................................................66 5.8 COMPOSICIÓN DE LA MICROBIOTA DE LA LECHE HUMANA EN FUNCIÓN DE LA ACTIVIDAD FÍSICA 68 5.9 EFECTO DE LA ACTIVIDAD FÍSICA DURANTE LA LACTANCIA SOBRE LA DΑ Y DΒ DE LA LECHE HUMANA.......71 5.9.1 Análisis de componentes de la diversidad alfa.........................................................71 5.9.2 Análisis de componentes de la diversidad beta........................................................72 6 DISCUSIÓN...........................................................................................................................75 6.1 CONSTRUCCIÓN DE LA COHORTE DE ESTUDIO......................................................................75 6.2 EL TIPO DE PARTO, LAS ENFERMEDADES NO TRASMISIBLES Y LA ACTIVIDAD FÍSICA CONTRIBUYEN A LA RIQUEZA Y DIVERSIDAD BACTERIANA EN LAS MUESTRAS DE LH ......................76 6.3 LA ACTIVIDAD FÍSICA DURANTE EL EMBARAZO Y LA LACTANCIA FAVORECEN LA EQUITABILIDAD DE LA DISTRIBUCIÓN DE ESPECIES BACTERIANAS EN MUESTRAS DE LECHE HUMANA .....................79 6.4 LOS PERFILES MICROBIANOS DE MADRES SEDENTARIAS PRESENTAN INCREMENTO SIGNIFICATIVO DE GÉNEROS CON ABUNDANTES PATÓGENOS Y DISMINUCIÓN DE ESPECIES INDICADORAS DE CALIDAD DEL MICROECOSISTEMAS ....................................................................80 6.5 EL EJERCICIO DURANTE LA LACTANCIA MEJORA LA CALIDAD DE LA LECHE MATERNA AL AUMENTAR LA DIVERSIDAD BACTERIANA.......................................................................................85 7 CONCLUSIONES..................................................................................................................87 8 REFRERENCIAS ..................................................................................................................89 9 ANEXOS..............................................................................................................................117 9.1 ANEXO 1 CONSENTIMIENTO INFORMADO............................................................................117 9.2 ANEXO 2 OPERACIONALIZACIÓN DE VARIABLES..................................................................120 9.3 ANEXO 3 PREPARACIÓN DE SOLUCIONES PARA EXTRACCIÓN DE DNA................................124 9.4 ANEXO 4 PROTOCOLO DE EXTRACCIÓN DE DNA CTAB + SDS MODIFICADO......................124 9.5 ANEXO 5 PROTOCOLO DE PREPROCESAMIENTO DE LAS MUESTRAS....................................126 9.6 ANEXO 6 DESCRIPCIÓN DE LA COHORTE............................................................................127 9.7 ANEXO 7 AMPLIFICACIÓN Y SECUENCIACIÓN DE LA REGIÓN V3-V4.....................................133 9.8 ANEXO 8 ABUNDANCIA RELATIVA DE LAS CATEGORÍAS TAXONÓMICAS A NIVEL DE GÉNERO 135 9.9 ANEXO 9 CARTA DE ACEPTACIÓN DEL ARTÍCULO PUBLICADO............................................137 9.10 ANEXO 10 PORTADA Y ACCESO DEL ARTÍCULO PUBLICADO ..........................................138 9.11 ANEXO 11. PROTOCOLO PARA LA CUANTIFICACIÓN DE PROTEÍNAS MEDIANTE EL MÉTODO DE LOWRY:.......139 9.12 ANEXO 12. PROTOCOLO PARA LA CUANTIFICACIÓN DE LÍPIDOS MEDIANTE EL MÉTODO DE ROESE-GOTTLIEB:.....................................................................................................................140 9.13 ANEXO 13 PROTOCOLO PARA LA CUANTIFICACIÓN DE HIDRATOS DE CARBONO UTILIZANDO EL MÉTODO DE DOUBOIS: ..........................................................................................................142 9.14 ANEXO 15 SCRIPT Y CURVAS DE CALIBRACIÓN Y CALCULO DE CONCENTRACIONES.......144 | |
| dc.format | application/PDF | |
| dc.language.iso | spa | |
| dc.publisher | Biblioteca Digital wdg.biblio | |
| dc.publisher | Universidad de Guadalajara | |
| dc.rights.uri | https://www.riudg.udg.mx/info/politicas.jsp | |
| dc.subject | Diversidad Microbiologica | |
| dc.subject | Estado De Salud | |
| dc.subject | Metagenomica | |
| dc.subject | Microbiota | |
| dc.subject | Leche Humana | |
| dc.title | “Estudio metagenómico de la diversidad microbiana en leche humana de mujeres con enfermedades no transmisibles” | |
| dc.type | Tesis de Doctorado | |
| dc.rights.holder | Universidad de Guadalajara | |
| dc.rights.holder | Alemán Duarte, Mario Iván | |
| dc.coverage | GUADALAJARA, JALISCO | |
| dc.type.conacyt | doctoralThesis | |
| dc.degree.name | DOCTORADO EN CIENCIAS EN PROCESOS BIOTECNOLOGICOS | |
| dc.degree.department | CUCEI | |
| dc.degree.grantor | Universidad de Guadalajara | |
| dc.rights.access | openAccess | |
| dc.degree.creator | DOCTOR EN CIENCIAS EN PROCESOS BIOTECNOLOGICOS | |
| dc.contributor.director | Solís Pacheco, Josué Raymundo | |
| dc.contributor.codirector | Balcázar López, Edgar | |
| dc.contributor.codirector | Sánchez Reyes, Ayixon | |
| Aparece en las colecciones: | CUCEI | |
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