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https://hdl.handle.net/20.500.12104/83337Registro completo de metadatos
| Campo DC | Valor | Lengua/Idioma |
|---|---|---|
| dc.contributor.advisor | Delaye Arredondo, Luis José | |
| dc.contributor.advisor | Barbosa Santillán, Liliana Ibeth | |
| dc.contributor.advisor | López Martín, Cuauhtémoc | |
| dc.contributor.author | Ortega Magaña, Ricardo | |
| dc.date.accessioned | 2021-10-02T20:27:04Z | - |
| dc.date.available | 2021-10-02T20:27:04Z | - |
| dc.date.issued | 2018-04-18 | |
| dc.identifier.uri | https://wdg.biblio.udg.mx | |
| dc.identifier.uri | https://hdl.handle.net/20.500.12104/83337 | - |
| dc.description.tableofcontents | TABLA DE CONTENIDO Glosario de términos .........................................................................................i Frases en latín .................................................................................................. ii Índice de figuras.............................................................................................. iii Objetivos......................................................................................................... vii Objetivos generales ..............................................................................................................vii Objetivos particulares...........................................................................................................vii Estructura de la tesis .................................................................................... viii Introducción .........................................................................................................1 1.1 Bioinformática ........................................................................................1 1.1.1 ADN ........................................................................................................................... 2 1.1.2 Secuenciación genética .............................................................................................. 5 1.1.3 Genoma ...................................................................................................................... 6 1.1.4 Secuencia proteica...................................................................................................... 7 1.1.5 Homología en genes ................................................................................................. 14 1.2 Arquitecturas de aceleración de procesos ..........................................15 1.2.1 Interfaz de paso de mensajes .................................................................................... 15 1.2.2 OpenMP ................................................................................................................... 17 1.2.3 Unidades gráficas de procesamiento ........................................................................ 17 1.2.4 CUDA ...................................................................................................................... 18 1.2.5 Lenguaje de cómputo abierto ................................................................................... 19 1.2.6 Coprocesadores Xeon Phi ........................................................................................ 20 1.2.7 Arreglos programables de compuertas en campo..................................................... 20 1.3 Resumen ................................................................................................21 Alineamiento de secuencias ...............................................................................23 2.1 Descripción del problema ....................................................................24 2.2 Categorías..............................................................................................25 2.3 Métricas .................................................................................................25 2.3.1 Distancias ................................................................................................................. 26 2.3.1.1 Distancia de Hamming...................................................................................... 26 2.3.1.2 Distancia de Levenshtein .................................................................................. 27 2.3.1.3 Distancia de Jaro-Winkler ................................................................................ 28 2.3.1.4 Distancia de Feng-Doolittle .............................................................................. 29 2.3.1.5 Distancia óptima de alineamiento de símbolos ................................................. 29 2.3.1.6 Algoritmo de T-Coffee ..................................................................................... 30 2.3.1.7 Distancia K-mer ................................................................................................ 31 2.3.1.8 Distancia basada en motifs ............................................................................... 32 2.3.2 Evaluación de alineamientos .................................................................................... 33 2.3.2.1 Matrices de substitución ................................................................................... 33 2.3.2.2 Entropía ............................................................................................................ 35 2.3.2.3 Suma de pares ................................................................................................... 36 2.3.2.4 Columnas Alineadas ......................................................................................... 37 2.3.2.5 Distancia de proporción .................................................................................... 38 2.3.2.6 Otros métodos de evaluación ............................................................................ 39 2.3.2.6.1 2.3.2.6.2 2.3.2.6.3 Puntaje de múltiples sobreposiciones ........................................................ 39 GUIDANCE .............................................................................................. 40 Puntaje de alineado de cara o cruz............................................................. 40 2.3.3 Funciones de penalización ....................................................................................... 41 2.4 Algoritmos de alineamiento .................................................................41 2.4.1 Método de estrella central ........................................................................................ 41 2.4.2 Programación dinámica............................................................................................ 42 2.4.3 Alineamiento progresivo .......................................................................................... 47 2.4.4 Alineamiento iterativo.............................................................................................. 47 2.5 Alineamientos utilizando procesos en paralelo..................................48 2.5.1 Parallel T-Coffee ...................................................................................................... 48 2.5.2 G-MSA..................................................................................................................... 49 2.5.3 MSA-CUDA ............................................................................................................ 49 2.5.4 CUDA-MAFFT ........................................................................................................ 50 2.5.5 FPGAs ...................................................................................................................... 52 2.5.6 Xeon Phi................................................................................................................... 52 Aportaciones al alineado de múltiples secuencias proteicas ............................53 3.1 Aportación científica ............................................................................53 3.1.1 Distancia radial ........................................................................................................ 55 3.1.2 Puntuación de error por secuencia ........................................................................... 57 3.2 Aportación tecnológica.........................................................................61 3.2.1 Características principales........................................................................................ 61 3.2.2 Funciones paralelas .................................................................................................. 62 3.2.2.1 Proceso paralelos de medición de distancias .................................................... 62 3.2.2.2 Alineado de múltiples secuencias ..................................................................... 63 Resultados y discusión........................................................................................65 4.1 Bases de datos .......................................................................................66 4.2 Pruebas estadísticas..............................................................................73 4.2.1 Comparación de alineamientos de SARELI............................................................. 73 4.2.2 Comparación de árboles guías ................................................................................. 80 4.3 Tiempos de ejecución ...........................................................................93 Conclusiones.....................................................................................................101 5.1 Conclusiones generales.......................................................................101 5.2 Aporte científico .................................................................................102 5.3 Aporte tecnológico ..............................................................................103 5.4 Trabajo futuro ....................................................................................104 Referencias .......................................................................................................105 Apéndice A. Código de la Biblioteca de SARELI............................................117 Apéndice B. Código del núcleo CUDA ............................................................171 Apéndice C. Matriz de substitución BLOSUM62............................................181 | |
| dc.format | application/PDF | |
| dc.language.iso | spa | |
| dc.publisher | Biblioteca Digital wdg.biblio | |
| dc.publisher | Universidad de Guadalajara | |
| dc.rights.uri | https://www.riudg.udg.mx/info/politicas.jsp | |
| dc.subject | Metodo De Alineamiento Y Refinamiento De Multiples Secuencias Proteicas | |
| dc.title | Método de alineamiento y refinamiento de múltiples secuencias proteicas basado en la evaluación radial de interacciones locales. | |
| dc.type | Tesis de Doctorado | |
| dc.rights.holder | Universidad de Guadalajara | |
| dc.rights.holder | Ortega Magaña, Ricardo | |
| dc.coverage | ZAPOPAN, JALISCO | |
| dc.type.conacyt | doctoralThesis | |
| dc.degree.name | DOCTORADO EN TECNOLOGIAS DE INFORMACION | |
| dc.degree.department | CUCEA | |
| dc.degree.grantor | Universidad de Guadalajara | |
| dc.degree.creator | DOCTOR EN TECNOLOGIAS DE INFORMACION | |
| dc.contributor.director | Chavoya Peña, Arturo | |
| Aparece en las colecciones: | CUCEA | |
Ficheros en este ítem:
| Fichero | Tamaño | Formato | |
|---|---|---|---|
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