1. RIUdeG
  2. Tesis
  3. Doctorado
  4. CUCEI
Por favor, use este identificador para citar o enlazar este ítem: https://hdl.handle.net/20.500.12104/80718
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dc.contributor.advisorCórdova López, Jesús Antonio
dc.contributor.advisorCortés Romero, Celso
dc.contributor.advisorCamacho Ruiz, Rosa María
dc.contributor.authorLópez Barrera, José Alberto
dc.date.accessioned2020-04-10T19:25:16Z-
dc.date.available2020-04-10T19:25:16Z-
dc.date.issued2017
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12104/80718-
dc.identifier.urihttp://wdg.biblio.udg.mx
dc.description.abstractRESUMEN La naturaleza ofrece una gran diversidad de recursos renovables, entre ellos se encuentran las enzimas que harán frente a los desafios de la biocatálisis que requieren los procesos industriales, tales como temperatura elevada, presencia de disolventes orgánicos, variaciones de pH de la mezcla de reacción, entre otros. La exploración de tan inmensa biodiversidad, depende de las herramientas disponibles para la búsqueda de nuevas enzimas, mediante el cribado de la diversidad de especies.
dc.description.tableofcontentsÍNDICE GENERAL Página ÍNDICE GENERAL .............................................................................................................................. i ÍNDICE DE TABLAS .......................................................................................................................... iv ÍNDICE DE FIGURAS Y DIAGRAMAS .......................................................................................... .. v RESUMEN ...................................................... ........ ........ ........ ........ ........ ........ ........ ........ ........ ........ ..... 1 INTRODUCCIÓN ............................................................................................................................... 3 CAPÍTULO I: EL TERCER DOMINIO DE LA VIDA .................................................................. 5 1.1 ARQUEAS ............................................................................................................................... 5 1.1.1 Nueva clasificación de los organismos ............................................................................. 5 1.1.2 Filogenia de las arqueas .................................................................................................... 8 1.2 CARACTERÍSTICAS DE LAS ARQUEAS .............. ........ ........ ........ ........ ........ ........ ........ ..... 8 1.2.1 Extremófilos ........................................................ ........ ........ ........ ........ ........ ........ ........ ..... 8 1.2.2 Producción de lípidos ....................................................................................................... 1 O 1.2.3 Adaptación a ambientes extremos .................................................................................... 11 1.3 FAMILIA HALOBACTERIACEAE .......................................................................................... 12 1.3.1 Clasificación .................................................................................................................... 12 1.3.2 Halófilos ........................................................................................................................... 13 1. 3 .2 .1 Ecología de los halófilos ........ ........ ........ ........ ........ ........ ........ ........ ........ ........ ........ ..... 14 1.3 .2.2 Estrategia de adaptación .............................................................................................. 14 l. 3 .2. 3 Adaptación de las proteínas de los halófilos ............................................................... 15 1.3 .2.4 Efecto de la sal sobre la actividad enzimática ............................................................. 16 1.3.3 Natronococcus .................................................................................................................. 18 1.3.3.1 Natronococcus sp. TC6 ............................................................................................... 18 CAPÍTULO 11: BIOCATALIZADORES ......................................................................................... 19 2.1 ENZIMAS ................................................................................................................................ 19 2.1.1 Enzimas hidrolíticas .......................................................................................................... 19 2.1.2 Importancia industrial ....................................................................................................... 20 2.2 ENZIMAS LIPOLÍTICAS ....................................................................................................... 20 2.2.1 Carboxilesterasas y lipasas ............................................................................................... 21 2.2.2 Tioéster hidrolasas ...................................... ........ ........ ........ ........ ........ ........ ........ ........ ...... 21 2.2.3 Estructura de las enzimas lipolíticas ........... ........ ........ ........ ........ ........ ........ ........ ........ ...... 21 2.2.4 Importancia de las enzimas lipolíticas .............................................................................. 23 2.3 ENZIMAS LIPOLÍTICAS DE HALOFILOS .......................................................................... 24 2.3.1 Esterasas de halófilos ........................................................................................................ 25 2.3.2 Tioesterasas de halófilos ................................................................................................... 25 2.3.3 Lipasas de halófilos .......................................................................................................... 26 2.3.4 Aplicaciones de las enzimas lipolíticas de halófilos .......... .. ........ ........ ........ ........ ........ ..... 27 2.3.4.1 Actividad a altas temperaturas y termoestabilidad ........................ ......... ........ ........ ..... 28 2.3.4.2 Actividad y estabilidad en presencia de disolventes orgánicos .................................. 28 2.3.4.3 Actividad y estabilidad en presencia de sales .............................................................. 28 -================- Índíce 2.4 ESTRATEGIAS DE BIOLOGÍA MOLECULAR ................................................................... 29 2.4.1 La era genómica de las haloarqueas ................................................................................. 30 2.4.2 La genómica como herramienta .................................................................... ........ ............ 30 2.4.2.1 La genómica en el descubrimiento de nuevas lipasas y esterasas ........... ........ ........ .... 31 2.4.2.2 Aspectos genómicos .................................................................................................... 32 2.4.3 Transferencia horizontal de genes .................................................................................... 32 2.5 REACCIONES MODELO DE LAS ENZIMAS LIPOLITICAS ............................................ 33 JUSTIFICACIÓN .......................... ........ ........ ........ ................ ........ ................ ........ ........ ........ ........ ..... 34 HIPÓTESIS ......................................................................................................................................... 34 OBJETIVOS ........................................................................................................................................ 35 Objetivo general ............................................................................................................................ 35 Objetivos específicos ..................................................................................................................... 35 CAPÍTULO III: MATERIALES Y MÉTODOS ......... ........ ........ ........ ........ ........ ........ ........ ........ ..... 36 3.1 CEPAS YVECTORES ....................................... ........ ........ ........ ........ ........ ........ ........ ........ ..... 36 3.2 MEDIOS DE CULTIV0 .......................................................................................................... 36 3.2.1 Medio paraNatronococcus sp. TC6 ................................................................................. 36 3.2.2 Medio para E. coli ............................................................................................................. 36 3.3 IDENTIFICACIÓN DE LAS CLONAS CON ACTIVIDAD LIPOLÍTICA ........................... 37 3.4 IDENTIFICACIÓN DE LA SECUENCIA GENICA DE LA ENZIMA LÍPOLÍTICA .......... 38 3.4.1 Extracción y digestión del cósmido recombinante ........................................................... 38 3.4.2 Preparación de células competentes ............................ ........ ........ ........ ........ ........ ........ ..... 38 3.4.3 Clonación y transformación .............................................................................................. 38 3.4.4 Prueba de actividad mediante actividad enzimática ......................................................... 39 3.4.5 Secuenciación ................................................................................................................... 40 3.5 ANÁLISIS BIOINFORMÁTICO ............................................................................................ 40 3 .5 .1 Análisis de la secuencia de ADN ...................................................................................... 40 3.5.2 Alineamiento múltiple para analizar sitios consenso .......... ........ ........ ........ ........ ........ ...... 40 3.5.3 Construcción del árbol filogenético de tioesterasas .......................................................... 40 3.5.4 Construcción de la estructura 3D por homología con otras tioesterasas ........................... 40 3.6 CLONACIÓN DE LA TIOESTERASA .................................................................................. 41 3. 6 .1 Amplificación de la secuencia, digestión y clonación ...................................................... 41 3.6.2 PCR en colonia ................................................................................................................. 42 3.7 EXPRESIÓN DE LA TIOESTERASA ............. ......... ........ ........ ........ ........ ........ ........ ........ ...... 42 CAPÍTULO IV: RESULTADOS Y DISCUSIÓN ............................................................................ 43 4.1 REACTIVACIÓN DE LA GENOTECA DE Natronococcus sp. TC6 E IDENTIFICACIÓN DE LA CLONA POSITIVA A ACTIVIDAD LIPOLÍTICA .................................................. 43 4.1.1 Banco de trabajo ............................................................................................................... 45 4.2 CARACTERIZACIÓN DEL CÓSMIDO RECOMBINANTE ............................................... 45 4.3 CLONACIÓN DE LOS FRAGMENTOS GÉNICOS DE Natronococcus sp. TC6 .......... ..... 48 4.3.1 Digestión, purificación y transformación ................................................................... ..... 48 4.4 SECUENCIACIÓN DE LOS FRAGMENTOS GÉNICOS ..................................................... 50 4.5 ANÁLISIS BIOINFORMÁTICO ............................................................................................ 55 4.5.1 Alineamiento múltiple ...................................................................................................... 56 ~il -================- 11 Índíce 4 .5 .2 Análisis filogenético de tioesterasasa ............................................................................... 58 4.5.3 Estructura 3D de la tioesterasa ......................................................................................... 60 4.5.3.1 Identificación y selección del molde respecto al alineamiento ...... ........ ........ ........ ..... 61 4.5.3.2 Construcción del alineamiento ....................................................... ........ ........ ........ ..... 62 4.5.3.3 Evaluación del modelo ................................................................................................ 62 4.6 EXPRESIÓN DE LA PROTEÍNA RECOMBINANTE .......................................................... 65 4.6.1 Amplificación de la secuencia de la tioesterasa ................................................................ 65 4.6.2 Expresión de la proteína ................................................................................................... 66 CONCLUSIONES ............................................................................................................................... 68 PERSPECTIVAS ................................................................................................................................ 69 REFERENCIAS .................................................................................................................................. 70
dc.formatapplication/PDF
dc.language.isospa
dc.publisherBiblioteca Digital wdg.biblio
dc.publisherUniversidad de Guadalajara
dc.rights.urihttps://wdg.biblio.udg.mx/politicasdepublicacion.php
dc.titleCARACTERIZACIÓN PARCIAL DE UNA ENZIMA LIPOLíTICA OBTENIDA A PARTIR DE UNA GENOTECA DE Natronococcus sp. TC6
dc.typeTesis de Doctorado
dc.rights.holderUniversidad de Guadalajara
dc.rights.holderLópez Barrera, José Alberto
dc.coverageGuadalajara, Jalisco, México
dc.type.conacytDoctoralThesis-
dc.degree.nameDOCTORADO EN CIENCIAS EN PROCESOS BIOTECNÓLOGICOS-
dc.degree.departmentCUCEI-
dc.degree.grantorUniversidad de Guadalajara-
dc.rights.accessopenAccess-
dc.degree.creatorDOCTOR EN CIENCIAS EN PROCESOS BIOTECNÓLOGICOS-
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