Bacterias en las heces de Ramosomyia violiceps y Cynanthus latirostris: actividad antagónica, determinación de patógenos y caracterización de metabolitos antibacterianos

Abstract

RESUMEN Algunas de las funciones del ensamblaje bacteriano del tracto gastrointestinal de los colibríes es promover el desarrollo y la función del sistema inmune mediante la producción de metabolitos, y competir directamente con los patógenos por espacio y nutrimentos. En este sentido, esta tesis tuvo los siguientes objetivos: a) En primer lugar, evaluar la actividad antagónica in vitro de bacterias aisladas de las heces del colibrí corona-violeta (Ramsomyia violiceps) frente a cepas de Bacillus spp. degradadoras de plumas, Escherichia coli, Salmonella enterica y Acinetobacter baumannii; b) En segundo lugar, analizar la ocurrencia de bacterias patógenas, Salmonella enterica, Klebsiella pneumoniae, Campylobacter jejuni y Listeria monocytogenes en las heces de R. violiceps y el colibrí pico-ancho (Cynanthus latirostris) en dos ambientes; y c) Finalmente, analizar la actividad antibacteriana de los metabolitos secundarios de Pseudomonas putida M5 frente a K. pneumoniae, Enterobacter aerogenes, Staphylococcus aureus, S. epidermidis, E. coli y S. enterica, e identifcar los metabolitos secundarios que se registraron con mayor abundancia producidos por P. putida M5. Para ello se eligieron dos ambientes, uno urbano y otro en un bosque tropical caducifolio altamente perturbado. En cada ambiente, se seleccionaron tres sitios y se colocaron redes de niebla. Se capturaron 130 individuos y se recolectaron muestras fecales de ambas especies de colibríes. Para el primer objetivo se aislaron las bacterias cultivables de las heces de 40 individuos de R. violiceps. A las bacterias se les realizaron ensayos de actividad antagónica. El resto de las muestras de las heces de colibríes fueron utilizadas para la detección de patógenos mediante ensayos de qPCR. Por último, se extrajeron los compuestos orgánicos de Pseudomonas putida M5, cepa que registró la mayor actividad antagónica. Estos compuestos se caracterizaron utilizando cromatografía líquida y espectrometría de masas. Los resultados indicaron que, de un total de 134 bacterias aisladas de las heces de R. violiceps, las cepas Bacillus spp. y Pseudomonas putida M5 registraron actividad antibacteriana. Además, se detectó una frecuencia alta de K. pneumoniae en las heces del colibrí R. violiceps y C. latirostris. En contraste, S. enterica y L. monocytogenes fueron menos frecuentes, y C. jejuni no se detectó en ninguna muestra. Finalmente, los metabolitos identificados de P. putida M5 fueron principalmente policétidos macrólidos. Tanto el análisis de impacto de vías como el análisis de sobrerrepresentación revelaron vías de interés debido a sus funciones en la inhibición de la biopelícula y la síntesis de fármacos.