1. RIUdeG
  2. Tesis
  3. Doctorado
  4. CUCEI
Por favor, use este identificador para citar o enlazar este ítem: https://hdl.handle.net/20.500.12104/104801
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Campo DCValorLengua/Idioma
dc.contributor.authorGómez Márquez, Carolina Elizabeth
dc.date.accessioned2024-09-18T16:49:48Z-
dc.date.available2024-09-18T16:49:48Z-
dc.date.issued2023-02-09
dc.identifier.urihttps://wdg.biblio.udg.mx
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12104/104801-
dc.description.tableofcontents1. Introducción 1 2. Antecedentes 3 2.1. Marco teórico: De los genes a la producción de ésteres . . . . . . . . . 3 2.1.1. Principios de la regulación génica . . . . . . . . . . . . . . . . 4 2.1.2. Regulación de la expresión génica en eucariotes . . . . . . . . . 5 2.2. Producción de ésteres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 2.3. Levaduras . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 2.4. Redes metabólicas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 2.4.1. Reconstrucción metabólica a escala genómica . . . . . . . . . . 12 2.5. Planteamiento del problema . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13 2.6. Justificación . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14 2.7. Hipótesis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15 2.8. Objetivos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15 2.8.1. General . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15 2.8.2. Particulares . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15 3. Metodología 16 3.1. Genoma . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18 3.1.1. Preparación de la muestra . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18 3.1.2. Secuenciación y características de la muestra . . . . . . . . . . 18 3.1.3. Calidad de ensamble . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19 3.1.4. Identificación de variantes y control de calidad . . . . . . . . . 19 3.1.5. Predicción y anotación de genes . . . . . . . . . . . . . . . . . 20 3.1.6. Enriquecimiento por ontologías . . . . . . . . . . . . . . . . . 21 3.2. Reconstrucción del modelo metabólico . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21 3.2.1. Calidad del modelo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22 3.2.2. Refinamiento . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22 3.2.3. Modelo metabólico . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23 3.2.4. FBA-Cobra . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24 4. Resultados 26 4.1. Ensamble y anotación . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26 4.1.1. Ensamble cepa DU3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26 4.1.2. Ensamble cepa SLP1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27 4.1.3. Selección de genes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29 4.1.4. Predicción y anotación de genes . . . . . . . . . . . . . . . . . 30 4.1.5. Enriquecimiento . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30 4.1.6. Variantes en genes LAC12 y INU1 . . . . . . . . . . . . . . . . 31 4.2. Construcción del modelo metabólico . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32 4.2.1. Representación del modelo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32 4.2.2. Refinamiento . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32 4.2.3. Puntuación . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33 4.2.4. Genes esenciales para producir Acetato de fenetilo . . . . . . . 33 5. Discusión 35 5.1. Relevancia . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37 6. Conclusiones 39 7. Anexos 40 7.1. Metodologías para el ensamblajes De novo . . . . . . . . . . . . . . . . 43 7.2. Estimación de genes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
dc.formatapplication/PDF
dc.language.isospa
dc.publisherBiblioteca Digital wdg.biblio
dc.publisherUniversidad de Guadalajara
dc.rights.urihttps://www.riudg.udg.mx/info/politicas.jsp
dc.titleIntegración de un modelo a escala genómica para la producción de ésteres en Kluyveromyces marxianus
dc.typeTesis de Doctorado
dc.rights.holderUniversidad de Guadalajara
dc.rights.holderGómez Márquez, Carolina Elizabeth
dc.coverageGUADALAJARA, JALISCO
dc.type.conacytdoctoralThesis
dc.degree.nameDOCTORADO EN CIENCIAS DE LA ELECTRONICA Y LA COMPUTACION CON ORIENTACIONES
dc.degree.departmentCUCEI
dc.degree.grantorUniversidad de Guadalajara
dc.rights.accessopenAccess
dc.degree.creatorDOCTOR EN CIENCIAS DE LA ELECTRONICA Y LA COMPUTACION CON ORIENTACIONES
dc.contributor.directorMorales Valencia, José Alejandro
dc.contributor.codirectorBorrayo Carbajal, Ernesto
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